Theo bản dịch sách “Đồng Khánh địa dư chí” của GSNgô Đức Thọ và các cộng sự ở Viện Hán Nôm thì trong thời phong kiến, lãnh thổ Vạn An hiện nay thuộc tổng Châm Khê, huyện Yên Phong, phủ Từ Sơn, trấn Kinh Bắc. Lúc đó, các làng hiện nay của Vạn An đều là các xã, thôn trong tổng Châm Khê. Năm 1831, nhà vua thực hiện cải cách hành chính trên cả nước: bãi bỏ cấp trấn, thành lập tỉnh Bắc Ninh.
Sau Cách mạng tháng Tám năm 1945 thành công, các đơn vị hành chính cấp tổng và cấp phủ bị chính quyền cách mạng xóa bỏ. Cấp xã được mở rộng hơn, nhỏ hơn cấp tổng trước đây nhưng bao gồm một số làng, xóm và có sự thay đổi. Tên các làng, xã giai đoạn đó ít nhiều có sự thay đổi do hoàn cảnh của kháng chiến chống Pháp.
Xã Vạn An được thành lập năm 1956 theo Nghị định số 1088-TTg ngày 19 tháng 10 năm 1956 của Thủ tướng Chính phủ. Lúc đó, Vạn An là một xã trực thuộc huyện Yên Phong, tỉnh Bắc Ninh.
Ngày 09 tháng 04 năm 2007, Thủ tướngNguyễn Tấn Dũng ký ban hành Nghị định số 60/NĐ-CP về việc mở rộng địa giới thành phố Bắc Ninh. Theo đó, xã Vạn An cùng với 3 xã Phong Khê, Khúc Xuyên, Hòa Long của huyện Yên Phong và một số xã khác của huyện Quế Võ, Tiên Du được sáp nhập vào thành phố Bắc Ninh.[3]
Ngày 21 tháng 7 năm 2009, tại kỳ họp thứ 18 HĐND tỉnh Bắc Ninh khóa XVI đã thông qua Tờ trình của UBND về việc đồng ý thành lập các phường Vạn An, Vân Dương và Hạp Lĩnh. Qua đó làm cơ sở để UBND tỉnh đề xuất với Chính phủ cho phép thành lập các phường trên.[4]
Ngày 05 tháng 02 năm 2010, Chính phủ ban hành Nghị quyết số 06/NQ-CP về việc thành lập một số phường thuộc thành phố Bắc Ninh. Qua đó, các xã Vạn An, Vân Dương, Hạp Lĩnh được nâng cấp lên phường từ các xã có tên tương ứng.[2] Sau khi được nâng cấp lên phường, Vạn An gồm có 4 khu phố là: Đương Xá,[note 1] Thụ Ninh, Thượng Đồng, Vạn Phúc. Tên gọi các khu phố đều dựa trên các tên làng cũ từ thời phong kiến. Từ đó đến nay, Vạn An vẫn giữ nguyên vai trò và địa giới hành chính trực thuộc thành phố Bắc Ninh.
